慢性支气管炎在病机上主要反映为肺、脾、肾三脏虚损，以及它们的相互关系失衡，同时又因痰、火、瘀等因素的参与而愈加复杂。其基本病机为本虚标实。
在正常情况下，肺主气，司呼吸，主宣发肃降，外合皮毛，为气机出入升降的通道。风寒热燥之邪由口鼻或皮毛而入，肺气被束，失其肃降而发病；嗜食烟酒、辛辣助火之品，灼津生痰，阻塞气道，均可使肺气上逆而发生咳嗽。病久不愈，肺气愈伤，正气无力御邪，则外邪又易复犯，以致迁延日久，缠绵不愈。
脾主运化，位居中焦，为气机升降之枢纽。脾虚不能运化水湿，聚湿为痰，湿痰上渍于肺，影响气机的通畅而见咳喘，咯痰等症。
肾主纳气，肾阳亏虚，气失摄纳，命门火衰，津液输化失司，肺气升降受阻，气化功能失常，水气不能宣化，为痰为饮，阻塞气道；肾阴亏损，虚火内炽，灼伤肺津，皆可使肺失宣降，肺气上逆而咳喘咯痰。
古人所谓：“肾为生痰之本，肺为贮痰之器，脾为生痰之源”，“肺不伤不咳，脾不伤不久咳，肾不伤不咳不喘”，说明肺脾肾三脏功能失调可致本病。痰、火、瘀既是脏腑失调的病理产物，又是直接或间接致病的因素。无论是外受燥热之邪，或寒郁而化热，或五志过极，饥饱劳倦伤及脏腑致功能失调所生内火，皆可与痰湿等结合形成痰火，火热壅肺，痰闭肺络而发病。久病多虚多瘀，阳气不足，不能温煦血脉和推动血液运行；或因寒邪客入血脉，血液凝滞不畅；或热入营血，血热搏结等，皆可形成瘀血。
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